復活したゲムデウスがまき散らしたウィルスによって、ゲーム病患者が街に溢れることに。永夢とパラドは感染源であるゲムデウスを倒すため戦いを挑み、飛彩と大我は患者の対応に。そして貴利矢は何を思ってか、突然変身して黎斗に戦いを挑む・・・。
突然一方的に黎斗に戦いを挑む貴利矢。相変わらずこの人は行動の意図がわからずこちらも困惑しましたが、グラファイトをヒントにして、バグスターをゲムデウスウィルスに感染させ克服させることにより抗体を生みだすというのは、リプログラミング技術を開発した時と同様、優秀な監察医である彼ならではの発想でしたね。まぁ互いに大量のウィルスに感染しながら戦う様は、抗体の開発というよりは蠱毒と言った方がしっくりくるものでしたが。黎斗のライフが残り5になるまでの戦いの末、黎斗がウィルスを克服。入手した抗体を組み込んだガシャットを黎斗が開発し、ついに対ゲムデウス用のワクチンが完成。よくよく考えると黎斗がやっているのは自分のやった悪行の尻拭い（贖罪という意識はさらさらなく自分が開発した仮面ライダークロニクルを他人に言いように利用されているのが面白くないだけなのですが）に過ぎないのですが、それにしても彼の天才ぶりは認めざるを得ず、ここまで来ると神を名乗るのもあながち妄言とは思えなくなってきますね。その神様を用が済んだらあっさりとバグヴァイザーに閉じ込めて衛生省に引き渡す貴利矢。仕返しなら永夢がやってくれたと言ってますけど、自分を殺した相手なんだから、あのぐらい扱いが雑になるのは確かにしょうがないですね。
貴利矢から渡されたガシャットを使い、ゲムデウスに必殺の一撃を与える永夢。これによってゲムデウスは大幅に弱体化し、感染者の症状は急速に回復していきましたが、そこに正宗が登場。なんと自らゲムデウスを倒し、取り込むことによって人としての生を捨てバグスターとして生まれ変わり、「運営にして真のラスボス」となったことを宣言。これは平成ライダーの中でも実力、存在感ともに絶大な説得力を持つとんでもないラスボスが現れてしまったのではないでしょうか。残り3話。
