タツミ隊長が姿を消した？ 現場に残された血痕（？）を見て事件の匂いをかぎ取ったマルゥルは、探偵となってこの謎を追い始めるが…。
消えた隊長の謎を追いながら、これまでの戦いを振り返る総集編。とりあえずマルゥル、お前は古畑なんだかコナンなんだか金田一少年なんだか明智小五郎なんだかはっきりしろ。「牧と三沢、ついて来い」なんて、怪奇大作戦のネタなんか濃い円谷ファンしかわからんでしょう。マルゥルの自室、ドアの開閉音がウルトラ警備隊の作戦室のそれと同じところからもう笑いましたが、毎度おなじみのちゃぶ台から灰皿に入った宇宙芥子の実、野球中継のラジオ、蒸気ハンマーの音、眼兎龍茶と、これまでのメトロン星人ネタをこれでもかとばかりにオンパレード。マルゥルがGUTS-SELECTに入った経緯も判明しましたけど、いくら優れた知識を持ってるとはいえ、寅さんの格好して川辺に立ってたメトロン星人の子供なんて、よくスカウトしようと思いましたね隊長。かつて地球人同士の信頼を利用して地球侵略を企てたメトロン星人が、地球人を信頼して仲間になったなんていうちょっといい話をギャグでやらんでもらいたい。
そんな徹頭徹尾ギャグの一方、いつものようにナースデッセイ号に忍び込んできたイグニスが、なにやら不穏な動き。ケンゴの研究室にあったGUTSスパークレンスの失敗作を盗み出し、さらにザイゴーグにホロボロスというどっちもヤバい怪獣のデータをGUTSハイパーキーに組み込んでいきましたが…。
