ゾヴァラスとの戦いをきっかけに、失った記憶の一部を取り戻したソラト。オメガ抹殺と地球侵略を企むゾヴァラスを打倒するため、サユキの協力を得てソラトたちは一大決戦を挑む。
やはりというか、ゾヴァラスはオメガの過去と直接関係していましたね。かつて月面でオメガとゾヴァラスは交戦し、ヴァルジェネスを支配下に置いてオメガを圧倒。ゾヴァラスの光線を喰らったオメガは地球へと落下し、記憶を失った、と…。ゾヴァラスを生み出したのはゲネス人という種族であり、ソラトによれば既に滅びているはずだが、このゲネス人復活のために地球を侵略することがゾヴァラスの使命だったようで、これだけ聞くとまるでバルタン星人のようですね。
サユキを通じてNDFの協力を取り付けたソラトたちは、ゾヴァラス打倒のための「ヤタノ作戦」を開始。まずソラトが自らを囮にゾヴァラスを作戦地帯におびき出し、前回の戦闘で苦手と判明したカラスの鳴き声をスピーカーから浴びせることに。作戦は首尾よく進みゾヴァラスは悶絶するも決定打とはならず、中途半端に支配が弱まったことで召喚していたヴァルジェネスが暴走を開始。これによってスピーカーが全て破壊されたことで改めてヴァルジェネスを支配しようとするゾヴァラスでしたが、そこでコウセイがヒロユキばりの無鉄砲な行動力でヴァルジェネスに飛び移り、レキネス、トライガロンも交えての必死の説得によりヴァルジェネスの自我を取り戻させることに成功。直後、ヴァルジェネスの突進を喰らって胸の発光体を破壊されたことでゾヴァラスはメテオカイジュウを支配する力を喪失。さらにオメガがヴァルジェネスアーマーを装着し、これまで悪用してきた力を逆に自らが喰らう羽目になり、最期は4属性の攻撃を同時に放つ必殺技ヴァルジェネスハルバードクアドランズ（オーブオリジンのオーブスプリームカリバーに似ていますね）を喰らい爆散するのでした。
戦いの後、オメガはサユキが呼称していた「ウルトラマン」の名称と合わせて、ついに「ウルトラマンオメガ」と呼ばれることに。そしてサユキは例によって半ば強引にソラト、コウセイ、アユムの三人を、新たに組織される怪獣特別対策隊、略して「怪特隊」のメンバーに任命。ウルトラマン、そして特捜チームと、いよいよウルトラマンらしくなってきましたね。
